Возникновение епископской кафедры в Минусинске связано с сопротивлением верующих начавшемуся в 1922 году обновленческому расколу. Более двадцати православных общин юга Енисейской губернии избрали духовника Минусинского Покровского женского монастыря архимандрита Димитрия (Вологодского) епископом Минусинским. Было решено тайно командировать его в Москву на епископскую хиротонию, совершить которую удалось лишь 19 мая 1923 года в Архангельске, где в то время находились в ссылке архиепископ Верейский Иларион (Троицкий) и епископ Ладожский Иннокентий (Тихонов).
Формально новая кафедра была викарной, но де-факто после уклонения в обновленчество епископа Зосимы (Сидоровского) не было правящего архиерея, в подчинении которого находился епископ Димитрий (Вологодский). Впоследствии Патриарх Тихон дал минусинскому епископу статус правящего архиерея, а возглавляемая им епархия стала именоваться Минусинской и Усинской, включившей в себя приходы Минусинского уезда Енисейской губернии и Тувинской Народной Республики. Из 125 приходов епархии, 115 к этому времени принадлежало обновленцам. Трудами первого Минусинского епископа Димитрия (Вологодского) за короткий срок 95 приходов вернулось в Патриаршую церковь, а к концу 1920-х годов обновленчество в Минусинске сошло на нет.
10 сентября 1928 года Минусинская епархия становится викариатством Енисейской епархии.
24 июля 1935 года вернувшийся из ссылки епископ Димитрий (Вологодский) был восстановлен правящим архиереем Минусинской епархии, 30 марта 1936 года он был возведён в сан архиепископа. После ареста и смерти архиепископа Димитрия в 1937 году Минусинская епархия не замещалась и была упразднена.
Вновь епархия образована 28 декабря 2018 года решением Священного Синода Русской Православной Церкви в административных границах Минусинского, Ермаковского, Идринского, Каратузского, Краснотуранского, Курагинского, Шушенского районов, а также Минусинского городского округа Красноярского края. Включена в состав Красноярской митрополии, Преосвященным Минусинским и Курагинским определено быть епископу Никанору (Анфилатову), управлявшему епархией по 13 апреля 2021 года.
24 августа 2023 года Преосвященным Минусинским и Курагинским определено быть епископу Игнатию (Пунину), управлявшему епархией по февраль 2024 года.
Решением Священного Синода от 12 марта 2024 г. Преосвященным Минусинским и Курагинским определено быть епископу Серафиму (Пасанаеву).
